Правительства Республики Молдова и Украины назначают Уполномоченного и двух его заместителей для рассмотрения вопросов в сфере охраны и улучшения экологического и санитарного состояния водных объектов и водохозяйственных систем; определения принципов использования совместных пограничных водных объектов Республики Молдова и Украины и установления режима пользования ими.

Для реализации работы института Уполномоченных созданы следующие рабочие группы:

• по управлению водными ресурсами в бассейнах рек Прут и Сирет;
• по управлению водными ресурсами реки Дунай и Придунайских водохранилищ;
• по мониторингу вод и управлению водными ресурсами бассейна рек Причерноморья;
• по сохранению биологического разнообразия.