Правила и состав
Правительства Республики Молдова и Украины назначают Уполномоченного и двух его заместителей для рассмотрения вопросов в сфере охраны и улучшения экологического и санитарного состояния водных объектов и водохозяйственных систем; определения принципов использования совместных пограничных водных объектов Республики Молдова и Украины и установления режима пользования ими. Уполномоченные проводят совещания, как правило, один раз в год по очереди на территории каждого государства. Для практического решения вопросов Уполномоченные создают рабочие группы, имеют право привлекать экспертов и организовывать их встречи, рассматривают текущие проблемы в области совместного использования и охраны пограничных вод.
После принятия Договора о сотрудничестве в области охраны и устойчивого развития бассейна реки Днестр в 2012 году Уполномоченные участвуют в работе Днестровской Комиссии в качестве первых заместителей и сопредседателей.
К Соглашению 1994 г. подписан ряд регламентов:
- Регламент украинско-молдавского сотрудничества по водно-экологическому мониторингу и контролю качества вод
- Регламент по обеспечению участия заинтересованных лиц в деятельности института уполномоченных в рамках соглашения между Правительством Республики Молдова и Правительством Украины о совместном использовании и охране пограничных вод, принятый 19 декабря 2007 года (стр. 44)
- Регламент украинско-молдавского сотрудничества по защите от наводнений на пограничных водотоках и внутренних водах
- Регламент о мероприятиях, предпринимаемых при опасных и чрезвычайных загрязнениях пограничных рек, которых невозможно избежать